TBMM'ye sunulan kanun teklifinde, şube müdürlerinin ek göstergesi 1. derece için 3000 olarak belirlenmişti. İktidar partisi milletvekilleri, yeni bir kanun teklifi vererek şube müdürlerinin ek göstergesinin 3600'e yükseltilmesini istenmişti. Bu talep meclis tarafından resmen kabul edildi. Kariyer meslekler ile bölge müdür, bölge müdür yardımcısı, il müdür, il müdür yardımcısı, şube müdürü, müdür yardımcısı ile müdürlerin ek göstergeleri 3600’e çıkaran önergenin TBMM Plan ve Bütçe Komisyonunda resmen kabul edilmesinin ardından üniversite daire başkanları da makam tazminatı için harekete geçti. Üniversite daire başkanları kendi aralarında organize olarak TBMM Plan ve Bütçe Komisyonunu dilekçe, twet ve fax yağmuruna tuttular. Milletvekilleri ve Memur Sendikalarına da ulaşmaya çalışan daire başkanları, taleplerinin dikkate alınmasını istediler. Üniversitelerin ana hizmetlerinin yürütüldüğü daire başkanlıklarının görev tanımları 124 sayılı Yükseköğretim Üst Kuruluşları İle Yükseköğretim Kurumlarının İdari Teşkilatı Hakkında Kanun Hükmünde Kararnamede düzenlenmektedir. Kamu görevlilerinin mali haklarının düzenlenmesi amacı ve Eşit işe eşit ücret sloganıyla çıkarılan 666 sayılı KHK ile yeni ücret sisteminin temelleri atılarak kapsama alınan kamu görevlileri arasındaki ücret adaletsizliğinin giderilmesi ile birlikte, anılan KHK’nin EK 10 nuncu maddesi kapsamı dışında tutulan Üniversitelerde çalışan Daire Başkanları makam tazminatından mahrum edildiler. Kurumlar arasındaki ücret farklılığını ortadan kaldırmayı, performansı artırmayı ve kurumlar arası nakil baskısını ortadan kaldırmak için eşit işe eşit ücret uygulası üniversite daire başkanlarına uygulanmıyor. Diğer kurumların daire başkanlarına göre üniversite daire başkanları arasında neredeyse 5-6 bin lira maaş farkı buluyor. Bu maaş farkının nedeni de makam tazminatından ve diğer yan ödemelerden kaynaklanıyor. 657 sayılı Kanun'un IV Sayılı Makam Tazminatı Cetveli'nde; birinci dereceli kadroya atanmış olmak şartıyla; Başbakanlık, Bakanlık, Müsteşarlık, Kurum Başkanlığı ve Müstakil Genel Müdürlüklerin merkez teşkilatı Daire Başkanı kadrolarına atananlar (Bütçe Dairesi Başkanı dahil), Gelir İdaresi Grup Başkanı, Milli Kütüphane Başkan Yardımcısı, Bölge Müdürleri (Kamu İktisadi Teşebbüsleri, Belediyeler ve bunlara bağlı kurum ve kuruluşlar hariç), Gümrük Müsteşarlığı Başmüdürleri, Üniversite Genel Sekreterleri ile Büyükşehir Belediyesi Genel Sekreter Yardımcılarının 2000 gösterge rakamının maaş katsayısıyla çarpımından oluşan tutar kadar makam tazminatı alacağı hükmüne yer verilmiştir.
Bu hükümler kapsamında yer almayan üniversitelerde çalışan Daire Başkanları Makam Tazminatı alamıyor.
Daire Başkanlıkları üniversitelerin eğitim öğretim, araştırma ve topluma hizmet gibi temel faaliyetlerinde Rektöre ve Genel Sekretere bağlı olarak doğrudan hizmet yürütmektedir. Kıyaslamak gerekirse; bu görevlerin Bakanlık Genel Müdürleri düzeyinde iş hacmi ve sorumluluk taşıyorlar.
Birçok devlet üniversitesinin bütçesi Bakanlıklarla yarışır seviyede olduğu düşünüldüğünde bu bütçenin getirdiği sorumluluğu aslında tüm Daire Başkanlıkları farklı görevlerle icra etmekte ve üstlenmekte, hepsi yaptıkları işlemlerde idari, cezai ve hukuki açıdan birinci derecede sorumluluk taşımaktadır. Bütün bu önemli sorumluluğa karşılık, Bakanlık ve büyükşehir belediyesi yöneticilerinde olduğu gibi benzer şekilde görev yapmalarına rağmen, Üniversite Daire Başkanlıklarına makam tazminatı verilmiyor. Üniversitelerde makam tazminatı yalnızca Genel Sekretere ödenmektedir. Oysa üniversitelerde idari işleyişten sorumluluk makamı olarak Genel Sekreter belirlenmiş olsa da; tüm ihalelerden, satın almalardan, atamalardan, öğrencilerle ilgili iş ve işlemlerden birinci düzeyde görev alanı itibarıyla Daire Başkanları sorumlu.